BENA2008 Johdatus bioinformatiikkaan (3 op)
Opinnon taso:
Aineopinnot
Arviointiasteikko:
0-5
Suorituskieli:
englanti, suomi
Vastuuorganisaatio:
Bio- ja ympäristötieteiden laitos
Opetussuunnitelmakaudet:
2024-2025, 2025-2026, 2026-2027, 2027-2028
Avainteksti
Johdatus bioinformatiikkaan
Kuvaus
Kurssilla perehdytetään opiskelijat bioinformatiikan tietokantojen (jotka sisältävät DNA-, RNA- ja proteiinitietoja) käyttöön ja tuetaan heitä tietokantatietojen tutkimisessa. Opiskelijat oppivat etsimään genetiikan ja molekkylien tietoja, kohdistamaan DNA- ja proteiinisekvenssejä ja visualisoimaan proteiinirakenteita verkkotyökalujen avulla. Opiskelijat harjoittelevat suunnittelemaan omia tiedonhaku-/analyysityönkulkujaan sekä tulkitsemaan ja arvioimaan bioinformatiikan perusanalyysien tuloksia raportissa.
Osaamistavoitteet
Kurssin suoritettuaan opiskelija voi:
- selittää, miksi bioinformatiikan työkaluja tarvitaan,
- tunnistaa biologisten tietokantojen, dataformaattien ja niiden käyttötapojen erot,
- käyttää tietokantoja hakeakseen tietoa geeneistä, proteiineista ja genomeista,
- tehdä ja arvioida DNA- ja aminohapposekvenssien rinnastuksia,
- visualisoida ja tulkita proteiinien perusrakenteita verkkotyökalujen avulla,
- yhdistellä DNA-, RNA- ja aminohapposekvensseistä saatua tietoa kysymyksiin vastaamiseksi bioinformatiikkatyökalujen avulla.
- kertoa bioinformatiikan tulosten löytämiseen ja tulkintaan tarvittavista vaiheista.
Lisätietoja
Kurssin voi suorittaa osallistumisessa opetuksessa (Pakollinen läsnäolo) TAI verkossa (enimmäkseen itseopiskeluna, kaksi aikataulutettua ryhmäkokousta).
Osallistuminen opetukseen suositellaan niille, jotka eivät ole varmoja tietokonetaidoistaan.
Luennot ja materiaalit englanniksi; Tehtävät voivat suorittaa suomeksi.
Esitietojen kuvaus
BENP1003, tai molekyylibiologian ja genetiikan perusteet
Oppimateriaalit
Kurssialue on Moodlessa.
Suoritustavat
Tapa 1
Kuvaus:
Pakollinen läsnäolo. Luennot englanniksi. Tehtävät voi suorittaa suomeksi.
Arviointiperusteet:
Tehtävät, harjoituksia tietokoneella, raportti, ryhmätyö.
Opetusajankohta:
Periodi 4, Periodi 5
Valitaan kaikki merkityt osat
Tapa 2
Kuvaus:
Kurssille on joka lukukausi tarjolla itseopiskeluvaihtoehto, valitse ryhmä, johon osallistut. Itseopiskelu tapahtuu Moodle-kurssialustalla. Ryhmätyön suorittaminen edellyttää osallistumista kahteen sovittuun kokoontumiskertaan.
Arviointiperusteet:
Itsenäiset kurssitehtävät ja tietokoneharjoitukset, ryhmätyöt ja raportti.
Opetusajankohta:
Periodi 4, Periodi 5
Valitaan kaikki merkityt osat
Suoritustapojen osat
x
Osallistuminen opetukseen (3 op)
Tyyppi:
Osallistuminen opetukseen
Arviointiasteikko:
0-5
Suorituskieli:
englanti, suomi
x
Itsenäinen työskentely (3 op)
Tyyppi:
Itsenäinen työskentely
Arviointiasteikko:
0-5
Suorituskieli:
englanti, suomi